Met uitzondering van de VWO+ klas krijgen leerlingen op het Cosmicus College een verlengde brugperiode. Dit betekent dat pas aan het einde van klas 2 bekeken wordt of een leerling de opleiding zal vervolgen op de HAVO- of de VWO-afdeling. De onderbouw heeft een doorlopende leerlijn naar de bovenbouw. Vakken worden dus langzamerhand moeilijker, en de verschillende vaardigheden die aangeleerd worden, zijn verdeeld over de verschillende leerjaren.